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1. 질의요지

「조세특례제한법」 제97조제1항 본문에서는 대통령령으로 정하는 거주자가 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(각주: 「주택법」에 따른 국민주택 규모 이하의 주택을 의미하고(「조세특례제한법」 제55조의2제4항 및 같은 법 시행령 제51조의2제3항 참조), 이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함하며, 이하 같음.)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 함)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 같은 항 단서에서는 “다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다”고 규정하고 있는바,

  「조세특례제한법」 제97조제1항 본문의 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건이 같은 항 단서에도 적용되어, 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시한 경우에만 같은 항 단서에 따라 양도소득세를 면제받을 수 있는지?

2. 회답

  「조세특례제한법」 제97조제1항 본문의 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건은 같은 항 단서에도 적용되어, 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시한 경우에만 같은 항 단서에 따라 양도소득세를 면제받을 수 있습니다.

3. 이유

  먼저 「조세특례제한법」 제97조제1항 본문에서는 대통령령으로 정하는 거주자가 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택을 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 “감면”한다고 규정하고 있고, 같은 항 단서에서는 ① 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 ② 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당함) 및 ③ 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 “면제”한다고 규정하고 있는데, 일반적으로 법령의 단서는 본문의 규정을 전제(각주: 법제처 2011. 9. 1. 회신 11-0444 해석례, 법제처 2012. 6. 8. 회신 12-0255 해석례, 대법원 2016. 6. 9. 선고 2015다78536 판결례 및 대구지방법원 2023. 8. 16. 선고 2023구합124 판결례 참조)로 본문의 주된 내용에 대한 예외를 인정하거나 규율 대상 중 일부에 대해 달리 정할 필요가 있을 때 두는 것으로서, 「조세특례제한법」 제97조제1항 단서는 양도소득세 “감면” 대상 임대주택의 요건을 정하고 있는 같은 항 본문과는 달리 양도소득세 “면제” 대상 임대주택의 요건을 정하면서, ②에서 매입임대주택에 대해서는 그 임대 개시 시점을 ‘1995년 1월 1일 이후’로 한정(각주: 매입임대주택의 경우 1995년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지 임대를 개시한 경우 양도소득세 면제 가능)하고 있을 뿐, 임대주택의 임대 개시 기한에 관한 같은 항 본문의 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건의 적용을 배제하거나 그 기한을 달리 정한 것으로 볼만한 명문의 규정을 두지 않았으므로, 같은 항 본문의 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건은 같은 항 단서의 경우에도 그대로 적용된다 할 것입니다.

  그리고 임대주택에 대한 양도소득세 감면제도의 입법연혁을 살펴보면, 「조세특례제한법」 제97조제1항 본문의 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건은 해당 특례가 신설될 당시에는 없었다가(각주: 1986. 12. 26. 법률 제3865호로 일부개정되어 1987. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제67조의4제1항 참조), 2000년 12월 29일 법률 제6297호로 구 「조세특례제한법」(각주: 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 일부개정되기 전의 것을 말하며, 이하 같음.)을 일부개정하면서 신설된 것인데, 이는 1999년 12월 28일 법률 제6045호로 「조세특례제한법」을 일부개정할 당시 주택 경기를 활성화하고 주택 전세값을 안정시키기 위해(각주: 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 일부개정되어 2000. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 일부개정법률 개정이유 참조) ‘1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일 사이에 신축되는 국민주택 등’을 취득하여 5년간 임대한 후 이를 양도하는 경우에는 양도소득세를 면제하는 내용의 ‘신축 주택’ 임대에 대한 양도소득세 감면 특례가 제97조의2로 신설됨에 따라 ‘이미 건축된 주택’을 5년 이상 임대하는 자 등에 대하여 양도소득세 감면 및 면제 혜택을 부여하는 구 「조세특례제한법」 제97조제1항의 ‘본문과 단서’를 그대로 둘 경우 같은 법 제97조의2에 따른 주택 신축 및 신축 주택의 임대에 부정적인 영향을 미칠 수 있다는 점을 고려하여, 같은 법 제97조제1항에 따른 기존 특례에 일종의 ‘적용 시한’을 둔 것인바,(각주: 서울행정법원 2016. 10. 28. 선고 2016구단55028 판결례, 서울중앙지방법원 2008. 9. 24. 선고 2008가단61118 판결례 참조) “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건이 같은 항 단서에는 적용되지 않아 이미 건축된 주택에 대하여 임대 개시 시기와 관계없이 양도소득세가 면제된다고 해석하는 것은 그 입법연혁 및 취지에 부합하지 않습니다.

  더욱이 「조세특례제한법」 제97조제1항 본문은 장기 임대주택에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 특례를, 같은 항 단서는 장기 임대주택에 대한 양도소득세를 완전히 면제하는 특례를 둔 것으로서, 특정 요건을 만족하는 장기 임대주택에 대하여 같은 항 본문보다 더 큰 세제 혜택을 부여하는 같은 항 단서의 요건은 보다 엄격하게 해석하는 것이 타당하다 할 것인데(각주: 대구지방법원 2023. 8. 16. 선고 2023구합124 판결례 참조), 만약 같은 항 본문의 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건이 같은 항 단서에는 적용되지 않는다고 해석한다면, 같은 항 본문에 따른 양도소득세의 100분의 50 상당액 감면 특례는 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”한 임대주택에 한정하여 적용되는 반면, 같은 항 단서에 따른 양도소득세 면제 특례는 그러한 제한 없이 적용됨으로써, ‘감면적용 시한’에 관하여는 같은 항 본문에 따른 ‘양도소득세 일부 감면의 요건’보다 같은 항 단서에 따른 ‘양도소득세 면제의 요건’이 완화되는 결과에 도달하므로, 이는 양도소득세의 일부 감면과 면제의 특례를 정하고 있는 같은 항 본문과 단서의 관계에도 부합하지 않는다고 할 것입니다.

  따라서 「조세특례제한법」 제97조제1항 본문의 “2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시”하였을 것이라는 요건은 같은 항 단서에도 적용되어, 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시한 경우에만 같은 항 단서에 따라 양도소득세를 면제받을 수 있습니다.

  조세특례제한법
제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다. 
  1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택
  2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택
  ② ～ ④ (생  략)
<관계 법령>