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1. 질의요지

「지방세특례제한법」 제57조의2제1항에서는 「법인세법」 제44조제2항(이하 “적격합병”이라 함) 또는 제3항(이하 “적격간주합병”(각주: “내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우(제1호)” 또는 “동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우(제2호)”에 적격합병 요건을 갖추지 않아도 적격합병으로 간주하는 것을 말함.)이라 함)에 해당하는 합병법인에 대하여 취득세 경감 특례를 규정(각 호 외의 부분 본문)하면서, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우(각주: 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외하며, 이하 같음.)에는 경감된 취득세를 추징하도록 규정(각 호 외의 부분 단서)하고 있고,

  「법인세법」 제44조의3에서는 적격합병 및 적격간주합병을 한 합병법인에 대하여 과세특례를 규정하고, 같은 조 제3항에서는 과세특례를 중단하는 경우를 규정하면서도 적격간주합병을 한 합병법인은 과세특례를 중단하는 대상에서 제외하고 있는바, 

  적격간주합병을 하여 취득세를 경감받은 합병법인에 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우 「지방세특례제한법」 제57조의2제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 경감된 취득세를 추징해야 하는지?

2. 회답

  적격간주합병을 하여 취득세를 경감받은 합병법인에 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우 「지방세특례제한법」 제57조의2제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 경감된 취득세를 추징해야 합니다.

3. 이유

  법령의 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있다면 원칙적으로 더 이상 다른 해석방법은 활용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없다고 할 것이고(각주: 대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81035 판결례 참조), 특히 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하며, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되어서는 안 된다고 할 것입니다(각주: 대법원 2021. 9. 9. 선고 2021두34558 판결례 및 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결례 등 참조).

  그런데 「지방세특례제한법」 제57조의2제1항 각 호 외의 부분 본문에서는 “「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우” 취득세를 경감하도록 규정하여 적격합병과 적격간주합병 모두를 취득세 경감 대상으로 하면서, 취득세 경감을 받은 후 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감된 취득세를 추징하도록 규정하고 있을 뿐, 경감된 취득세를 추징하는 합병의 유형에 대해 별도로 규정하지 않고 있으며, 추징 사유와 관련하여서도 「법인세법」 제44조의3제3항 전체가 아니라 같은 항 각 호만을 인용하고 있어 적격간주합병의 경우를 제외하고 있는 같은 항 각 호 외의 부분 본문이 적용된다고 볼 수 없으므로, 「지방세특례제한법」 제57조의2제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 취득세 추징 대상에는 적격간주합병을 한 합병법인이 포함됨(각주: 조세심판원 2017. 5. 17. 선고 조심2017지0241 결정례 참조)이 문언상 명백합니다.

  한편 「법인세법」 제44조의3제3항에서 적격간주합병을 한 법인을 과세특례 중단 대상에서 제외하는 것은 적격간주합병의 경우 적격합병과 달리 법인이 100퍼센트를 출자한 자법인(子法人)을 합병하는 경우 등에 해당하기만 하면 같은 법 제44조제2항 각 호에 따른 적격합병의 인정요건과 무관하게 과세특례 대상에 해당하기 때문인데, 「지방세특례제한법」 제57조의2제1항에 따른 합병법인에 대한 취득세 경감도 적격합병의 인정요건을 갖추었는지와 무관하게 적격간주합병을 한 법인에게 적용되는 것이므로, 「법인세법」상 합병법인에 대한 과세특례 구조와 동일하게 경감된 취득세의 추징 대상에서도 적격간주합병은 제외되는 것으로 보아야 한다는 의견이 있습니다.

  그러나 국세와 지방세는 그 과세목적, 과세권자 및 과세대상 등이 서로 다른 별개의 조세(각주: 대법원 2000. 10. 27. 선고 2000다25590 판결 참조)로서 각각의 입법 취지와 과세목적에 따라 달리 운영될 수 있어 동일한 과세대상에 대하여 별도의 규정 및 제도를 규정하는 것이 가능하므로, 지방세 관련 법령에서 국세 관련 법령 규정 중 일부만 인용한 경우에는 그 인용하고 있는 조문에 한정하여 적용해야 하고, 인용하지 않는 내용까지 유추하여 적용할 수는 없으므로 그러한 의견은 타당하지 않습니다.

  따라서 적격간주합병을 하여 취득세를 경감받은 합병법인에 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 「지방세특례제한법」 제57조의2제1항에 따라 경감된 취득세를 추징해야 합니다.
<관계 법령>
  지방세특례제한법
제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) ① 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이 「지방세법」 제15조제1항제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. 
  1. 「지방세법」 제13조제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액
  2. 「지방세법」 제13조제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액
  ② ∼ ⑩ (생  략)

  법인세법
제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① (생  략)
  ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 
  1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.
  2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것
  3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.
  4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것
  ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 
  1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우
  2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우
  ④ (생  략)
제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ①·② (생  략)
  ③ 적격합병(제44조제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
  1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우
  2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우
  3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 “근로자”라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우
  ④ ∼ ⑥ (생  략)