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1. 질의요지

자기 소유 농지에 건축물을 건축하기 위해 「건축법」 제11조제1항에 따른 건축허가를 받으면서 같은 조 제5항제7호에 따라 「농지법」에 따른 농지전용허가를 의제받아 건축물을 건축하던 중 해당 농지 및 그 농지에 건축 중인 건축물에 대한 소유권이 타인에게 이전된 경우,

  가. 「건축법」 제16조제3항 및 제4항에서는 “허가 사항의 변경허가” 및 “신고 사항의 변경신고”에 관하여는 같은 법 제11조제5항 및 제6항을 준용한다고 규정하고 있는데, 건축허가를 받은 자가 같은 법 제16조제1항 본문 및 같은 법 시행령 제12조제1항제3호에 따라 건축주를 변경하기 위하여 건축주 변경신고를 함으로써 「농지법 시행령」 제32조제5항제3호에 따른 농지전용 변경허가를 의제받을 수 있는지?

  나. (질의 가에서 농지전용 변경허가를 의제받을 수 있는 경우) 해당 “농지 및 그 농지에 건축 중인 건축물에 대한 소유권”을 취득(각주: 「농지법」 제38조제1항제4호에 따른 농지보전부담금이 납부된 후 취득한 경우로 한정하며, 이하 같음)한 자가 「건축법」 제16조제1항 본문에 따른 건축주 변경신고를 통해 농지전용 변경허가를 의제받으려는 경우, 건축법령에 따라 제출해야 하는 서류 외에 「농지법 시행규칙」 제26조제2항제6호에 따른 “농지보전부담금의 권리 승계를 증명할 수 있는 서류”를 제출해야 하는지?

  다. (질의 나에서 “농지보전부담금의 권리 승계를 증명할 수 있는 서류”를 제출해야 하는 경우) 해당 “농지 및 그 농지에 건축 중인 건축물에 대한 소유권”을 「민사집행법」에 따른 경매로 취득한 경우 그 확정된 매각허가결정서 및 그에 따른 매각대금 납부를 증명하는 서류를 「농지법 시행규칙」 제26조제2항제6호에 따른 “농지보전부담금의 권리 승계를 증명할 수 있는 서류”로 볼 수 있는지?

  라. 「농지법」 제39조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지전용허가 취소사유가 발생한 경우 농림축산식품부장관은 의제된 농지전용허가만 단독으로 취소할 수 있는지?

※ 질의배경

  민원인은 위 질의요지에 대한 농림축산식품부의 회신 내용에 이견이 있어 법제처에 법령해석을 요청함.

2. 회답

 가. 질의 가에 대하여

  이 사안의 경우 「건축법 시행령」 제12조제1항제3호에 따른 건축주 변경신고를 통해 「농지법 시행령」 제32조제5항제3호에 따른 농지전용 변경허가를 의제받을 수 있습니다.

 나. 질의 나에 대하여

  이 사안의 경우 「농지법 시행규칙」 제26조제2항제6호에 따른 “농지보전부담금의 권리 승계를 증명할 수 있는 서류”를 제출해야 합니다.

 다. 질의 다에 대하여

  이 사안에서 “매각허가결정서와 그에 따른 매각대금 납부를 증명하는 서류”는 「농지법 시행규칙」 제26조제2항제6호에 따른 농지부담금의 권리 승계에 관한 사항을 증명하는 서류로 볼 수 있습니다.

 라. 질의 라에 대하여

  이 사안의 경우 농림축산식품부장관은 「농지법」 제39조제1항에 따라 의제된 농지전용허가를 단독으로 취소할 수 있습니다.

3. 이유

 가. 질의 가에 대하여

  「건축법」 제11조제1항에 따르면 건축물을 건축하거나 대수선하려는 자는 허가를 받아야 하고, 같은 조 제5항제7호에서는 건축허가를 받으면 「농지법」 제34조에 따른 농지전용허가(이하 “농지전용허가”라 함)를 받은 것으로 본다고 규정하고 있으며, 「건축법」 제11조제6항에서는 건축허가권자는 같은 조 제5항에 따라 의제되는 허가 등에 해당하는 사항이 다른 행정기관의 권한에 속하면 그 행정기관의 장과 미리 협의해야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제14조제1항 및 제2항에서는 건축신고 대상 건축물을 정하면서 건축신고에 관하여는 같은 법 제11조제5항 및 제6항을 준용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제16조제1항 본문 및 같은 법 시행령 제12조제1항제3호에서는 “허가를 받았거나 신고한 사항”으로서 건축주 등을 변경하는 경우에는 신고(명의변경 신고)를 해야 한다고 규정하면서 같은 법 제16조제3항 및 제4항에서는 각각 “허가 사항의 변경허가”와 “신고 사항의 변경신고”에 관하여는 제11조제5항 및 제6항 등을 준용한다고 규정하고 있습니다.

  그런데 이러한 “변경신고”는 경미한 허가 사항의 변경에 대한 규제를 완화하기 위하여 허가를 받는 대신 신고를 하도록 하는 제도이고, 「건축법」 제16조제3항 및 제4항에서 인ㆍ허가 의제 관련 규정을 준용하고 있는 것은 허가나 신고사항의 변경 시에도 관련 법률에 따른 각종 인ㆍ허가 사항의 변경을 의제 처리할 수 있도록 함으로써 행정의 효율성을 높이고 국민의 편의를 증진하기 위한 취지(각주: 2011. 12. 1. 법률 제10755호로 일부개정된 「건축법」 개정이유 및 주요내용 참조)인바, 해당 규정에서 인ㆍ허가 의제 관련 규정이 준용되는 대상으로 “허가 사항의 변경신고”를 명시적으로 규정하고 있지 않더라도 허가사항의 변경허가의 경우와 마찬가지로 “변경신고” 시에도 관련 인ㆍ허가 변경에 관한 의제가 가능하다고 보는 것이 법령의 규정 체계와 입법 취지에 부합하는 해석입니다.

  또한 해당 규정의 입법연혁을 살펴보면, 구 「건축법」(2017년 4월 18일 법률 제14792호로 일부개정되기 전의 것을 말함) 제16조제3항에서 “허가 또는 신고 사항의 변경허가 또는 변경신고에 관하여는 제11조제5항 및 제6항을 준용한다”고 규정하던 것을 건축신고 등의 신고수리 여부 통지 제도 등을 도입함에 따라 “변경신고”에 대해서는 해당 규정(제14조제3항 및 제4항)을 추가로 준용하도록 하기 위하여 같은 법 제16조제4항으로 분리한 것으로, “변경신고”에 관한 사항을 “변경허가”와 분리하여 별도의 항으로 신설하는 과정에서 “허가 사항의 변경신고”가 별도로 규정되지 않았는데, 개정 당시 국회 검토보고서 등 입법자료나 개정이유 등에서 허가사항의 변경신고 시에는 관련 인ㆍ허가의 변경을 의제할 수 없도록 규제를 강화하는 취지로 개정하였다고 볼 만한 사정은 발견할 수 없는바, 허가사항을 변경신고할 때 같은 법 제11조제5항 및 제6항을 준용할 수 있다고 해석하더라도 이것이 법규정의 가능한 의미를 벗어나 법형성이나 법창조행위에 이른 것이라고는 할 수 없습니다(각주: 대법원 2006. 2. 23. 선고 2005다60949 판결례 참조).

  아울러 2021년 3월 23일 법률 제17979호로 제정ㆍ공포되어 2023년 3월 24일 시행될 예정인 「행정기본법」 제26조제2항에서는 인ㆍ허가의제의 사후관리에 관하여 주된 인ㆍ허가가 있은 후 이를 변경하는 경우에도 같은 법 제24조 및 제25조를 준용하여 관련 인ㆍ허가 행정청과 협의한 경우 주된 인ㆍ허가 변경으로 관련 인ㆍ허가의 변경을 의제할 수 있도록 규정하고 있다는 점도 이 사안을 해석할 때 고려해야 합니다. 

  따라서 이 사안의 경우 「건축법 시행령」 제12조제1항제3호에 따른 건축주 변경신고를 통해 「농지법 시행령」 제32조제5항제3호에 따른 농지전용 변경허가를 의제받을 수 있습니다.

 나. 질의 나에 대하여

  「건축법」 제16조제1항 본문에서는 건축주가 같은 법 제11조에 따라 허가를 받았거나 신고한 사항을 변경하려면 “대통령령으로 정하는 바에 따라” 허가를 받거나 신고해야 한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 같은 법 시행령 제12조에서는 “건축주”의 변경을 신고사항으로 규정하면서(제1항제3호) 허가 또는 신고사항의 변경에 관하여는 같은 영 제9조를 준용한다고 규정하고 있으며(제4항), 같은 영 제9조제1항 및 그 위임에 따른 같은 법 시행규칙 제6조제1항제3호에서는 같은 법 제11조제5항 각 호에 따른 허가 등을 받거나 신고를 하는 경우 해당 법령에서 제출하도록 의무화하고 있는 신청서 및 구비서류를 첨부하여 제출하도록 규정하고 있습니다.

  그런데 「농지법」 제34조제1항 전단 및 같은 항 제1호에서는 농지를 농업생산 또는 농지개량 외의 용도로 전용하려는 자는 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우 등을 제외하고는 농림축산식품부장관의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있고, 같은 항 후단 및 같은 법 시행령 제32조제5항제3호에서는 전용허가를 받은 자의 명의 등 중요사항을 변경하려는 경우에는 변경허가를 받도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제26조제2항제5호 및 제6호에서는 변경허가 신청 시 첨부해야 할 서류로 “농지보전부담금을 납부한 후 농지전용허가를 받은 자의 명의가 변경되는 경우에는 농지보전부담금의 권리 승계를 증명할 수 있는 서류”를 규정하고 있으므로, 이 사안과 같이 건축주 변경신고를 통해 농지전용 변경허가를 의제받으려는 경우에는 「건축법 시행규칙」 제6조제1항제3호에 따라 농지법령에서 농지전용 변경허가 신청 시 제출하도록 의무화하고 있는 신청서 및 구비서류를 첨부해야 할 것입니다.

  아울러 이러한 명문의 규정이 없더라도 인ㆍ허가 의제제도는 하나의 목적 사업을 수행하기 위해 여러 법률에서 규정된 인ㆍ허가 등을 받아야 하는 경우 그 창구를 단일화하고 절차를 간소화하려는 취지에서 도입된 것으로서 인ㆍ허가 의제사항 관련 법령에 따른 각각의 인ㆍ허가 요건에 관한 일체의 심사를 배제하려는 것은 아니고(각주: 대법원 2011. 1. 20. 선고 2010두14954 판결례 참조), 관계기관의 장은 인ㆍ허가 의제에 관한 협의에 응할 때 해당 인ㆍ허가의 실체적 요건을 심사해야 하므로 관련 법령에 따른 서류의 제출을 요구할 수 있다고 할 것이며, 2021년 3월 23일 법률 제17979호로 제정ㆍ공포되어 2023년 3월 24일 시행될 예정인 「행정기본법」 제24조제2항 본문에서도 인ㆍ허가 의제를 받으려면 주된 인ㆍ허가를 신청할 때 관련 인ㆍ허가에 필요한 서류를 함께 제출하도록 규정하고 있고, 해당 규정은 같은 법 제26조에 따라 주된 인ㆍ허가를 변경하려는 경우에도 준용된다는 점도 이 사안을 해석할 때 고려해야 합니다.

  따라서 「건축법」 제16조제1항 본문에 따른 건축주 변경신고를 통해 건축주 명의 변경에 따른 농지전용 변경허가를 의제받으려는 경우 「농지법 시행규칙」 제26조제2항제6호에 따른 “농지보전부담금의 권리 승계를 증명할 수 있는 서류”를 제출해야 합니다.

 다. 질의 다에 대하여

  「농지법」 제38조제1항에서는 농지전용허가를 받는 자(제1호) 및 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자(제4호) 등은 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위한 부담금(이하 “농지보전부담금”이라 함)을 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자에게 납부해야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서는 농지전용허가 전까지 농지보전부담금의 전부 또는 일부(분할 납부하는 경우만 해당함)를 납부해야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제26조제2항제5호 및 제6호에서는 변경허가 신청 시 첨부해야 할 서류로 “농지보전부담금을 납부한 후 농지전용허가를 받은 자의 명의가 변경되는 경우에는 농지보전부담금의 권리 승계를 증명할 수 있는 서류”를 규정하고 있습니다.

  그런데 농지전용허가와 유사한 산지전용허가의 경우 「산지관리법」 제51조에서 매매ㆍ양도ㆍ경매 등으로 인한 산지의 소유자 변경 시 종전 소유자의 권리ㆍ의무를 승계하도록 규정하고 있는 것과는 달리, 「농지법」에서는 농지의 소유권 변동에 따라 농지전용허가 및 그 허가에 수반한 농지보전부담금과 관련된 종전 허가자의 권리ㆍ의무가 승계되는지 여부에 대해서는 명시적인 규정을 두고 있지 않은바, 이 사안과 같이 농지 및 그 농지에 건축 중인 건축물의 소유권을 경매를 통해 취득하고 건축주 변경신고로 농지전용 변경허가를 의제받으려는 경우 ‘확정된 매각허가결정서와 그에 따른 매각대금 납부를 증명하는 서류’를 통해 ‘농지보전부담금의 권리 승계를 증명’할 수 있는지 여부는 농지전용허가의 성질 및 관련 법령의 체계 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 합니다.

  먼저 「농지법」 제34조제1항 및 같은 법 시행령 제33조제1항에서는 농지전용허가의 심사기준으로 농지의 전용 면적, 농지 보전의 필요성, 주변 농업환경에 미치는 영향 등을 규정하고 있을 뿐 허가를 받으려는 자의 자질이나 특성 등 인적 요소를 심사하도록 규정하고 있지 않고, 농지전용허가를 받은 농지를 취득하는 경우 그 농지를 전용목적대로 이용한다는 전제 하에 농업경영계획서의 제출이 면제(각주: 「농지법」 제8조제2항 단서 및 「농지취득자격증명발급심사요령」 제7조제2항제1호 참조)되므로 농지전용허가는 원칙적으로 대물적 성질을 갖는다고 보아야 하는바, 농지전용허가에 수반되는 농지보전부담금 부과 처분도 대물적 처분에 해당한다고 할 것(각주: 법제처 06-0215 회신례 참조)인데, 대물적 허가의 경우 별도의 지위 승계규정이 없더라도 그 목적물에 대한 소유권을 취득한 자가 종전에 허가를 받은 자의 지위를 승계한다는 것이 일반적 원칙(각주: 대법원 1986. 7. 22. 선고 86누203 판결례, 법제처 2005. 11. 25. 회신 05-0065 해석례, 법제처 2019. 11. 25. 회신 19-0351 해석례 등 참조)입니다. 

  그렇다면 「농지법」 제34조제1항 후단 및 같은 법 시행령 제32조제5항제3호에 따른 농지전용 변경허가는 농지전용허가의 효과가 이전될 수 있는 성질의 것이라는 점을 전제로 하여 종전의 농지전용허가 및 그에 따른 농지보전부담금 부과처분의 효력을 그대로 유지하면서 그 명의자만 변경하는 것(각주: 서울행정법원 2018. 6. 21. 선고 2017구합90292 판결례 참조)으로, 그 변경허가를 통해 비로소 농지전용허가에 관한 권리ㆍ의무가 승계되는 것은 아니고, 「농지법」이나 「건축법」에서는 건축물의 건축을 위해 농지전용허가를 받은 농지를 경매의 방식으로 취득하는 것을 금지하거나 경매로 이러한 농지를 취득한 경우 농지전용 변경허가 대상에서 제외하도록 규정하고 있지도 않은바, 이 사안과 같이 경매를 통해 ‘건축허가(각주: 대물적 처분에 해당함(대법원 2010두2296 판결례 참조))로 농지전용허가가 의제된’ 농지와 그 전용목적사업으로 건축 중인 건축물의 소유권을 전부 취득한 경락인은 그에 종속된 권리로서 건축허가 및 농지전용허가에 관한 권리ㆍ의무를 함께 승계하게 되므로, 특별한 사정이 없는 한 소유권 취득 전에 건축허가로 의제된 농지전용허가에 따라 농지를 전용할 수 있습니다(각주: 대법원 2001. 10. 23. 선고 99두7470 판결례 참조).

  또한 대법원의 재판예규인 「농지에 대한 매각절차에 있어서의 유의사항」(재판예규 제1725호)에서는 농지전용허가가 이루어진 토지의 경매 시 허가연월일, 허가신청자의 이름 등에 관하여 사실조회 등을 하고 감정인에게 통보하고, 사실조회회보서 사본을 매각물건명세서의 사본에 첨부하여 비치하도록 규정하고 있는바, 이러한 절차를 통해 농지전용허가의 가치를 반영하여 매각목적물인 농지의 가치를 평가한 것으로 볼 수 있는 점(각주: 서울행정법원 2018. 6. 21. 선고 2017구합90292 판결례 참조)에 비추어 보더라도 이 사안과 같이 경매를 통해 농지와 농지에 건축 중인 건축물을 취득한 경락인은 당연히 종전의 소유자로부터 농지전용허가를 받은 자의 지위를 승계한다고 보는 것이 타당한바, 경매를 통해 해당 농지와 농지에 건축 중인 건축물을 취득하였음을 증명하는 서류인 매각허가결정서와 그에 따른 매각대금 납부를 증명하는 서류로 농지보전부담금의 권리 승계를 증명할 수 있을 것입니다.

  만약 이와 달리 농지보전부담금의 권리 승계에 관한 별도의 서류가 필요하다고 본다면, 종전 소유자와의 사적인 약정을 맺기 어려운 경매절차의 특성에 비추어 볼 때, 사실상 경매를 통해 농지와 전용목적사업과 관련된 주요 시설이 양도되는 경우의 명의 변경이 매우 곤란해지게 되어 농지전용허가를 받은 자의 명의를 변경할 수 있는 제도를 둔 입법취지에 반한다고 할 것이고, 이에 따라 실제 농지전용행위를 할 수 있는 권원을 가진 자와 「농지법」상 농지전용허가를 받은 자가 분리되어 경락인은 그 소유권 취득과 동시에 농지전용허가 없이 농지를 전용 중인 상태에 놓여 같은 법 제58조에 따른 처벌 대상이 되는 불합리한 상황이 발생할 수 있다는 점도 이 사안을 해석할 때 고려해야 합니다.

  한편 농지는 원칙적으로 농업경영에 이용하거나 이용할 자만 소유할 수 있는 등 그 소유자의 인적 요소가 취득 시점에서부터 중요하게 고려되고, 「농지법」 제28조 및 제32조에 따라 토지이용행위에 대한 규제를 강화하기 위하여 지정되는 농업진흥지역 내에서는 농업인에 해당하는 사람만이 전용허가를 받을 수 있는 경우가 있으며, 농업인의 자격은 엄격히 제한되는 등 농지전용허가는 대물적 허가가 아닌 인적 요소가 강한 혼합적 허가에 해당하므로, 농지 소유권이 이전된다고 하여 종전에 허가를 받은 자의 지위가 당연히 승계된다고 볼 수 없다는 의견이 있습니다.

  그러나 앞서 살펴본 바와 같이 농지전용허가는 원칙적으로 대물적 허가에 해당하는 것으로 농업진흥지역 내 농지전용허가가 농업인에게만 허용되는 이유는 농지전용허가의 대상인 “농지”가 농업진흥지역 내에 위치한 데서 비롯되는 것이고, 설령 농지전용허가가 혼합적 허가에 해당한다 하더라도 농지전용허가 시 부과되는 농지전용부담금의 권리 승계 여부는 부담금의 귀속주체에 관한 문제로서 이를 농지전용허가의 성질과 결부시켜 농지전용허가에 관한 권리ㆍ의무 승계 여부를 결정하는 근거로 삼을 합리적 이유가 없으며, 개인간 사법상 계약 내용에 따라 ‘공법상 권리ㆍ의무의 승계 여부’를 달리하도록 하는 것은 부당(각주: 서울행정법원 2018. 6. 21. 선고 2017구합90292 판결례 참조)한 측면이 있으므로, 그러한 의견은 타당하지 않습니다.

  따라서 이 사안에서 “매각허가결정서와 그에 따른 매각대금 납부를 증명하는 서류”는 「농지법 시행규칙」 제26조제2항제6호에 따른 농지부담금의 권리 승계에 관한 사항을 증명하는 서류로 볼 수 있습니다.

※ 법령정비 권고사항 

  농지전용허가를 받은 농지의 경우 소유권 변동에 따라 종전 허가를 받은 자의 권리ㆍ의무가 승계되는지 여부에 관한 사항을 「농지법」에 명확하게 규정할 필요가 있습니다.

 라. 질의 라에 대하여

  인ㆍ허가 의제제도는 주된 인ㆍ허가가 이루어지는 단계에서 행정절차를 일원화하여 관련 인ㆍ허가 등을 종합적 관점에서 검토함으로써 행정의 효율성을 높이고 국민의 편의를 증진하려는 취지에서 도입된 것으로(각주: 법제처 2021. 5. 4. 회신 21-0002 해석례 참조), 의제되는 인ㆍ허가를 위한 실체적 요건의 적용을 배제하거나 처분권한을 변경하는 효과가 있는 것은 아니고, 의제되는 인ㆍ허가와 관련된 실체적 요건은 의제되는 인ㆍ허가를 규율하는 근거 법령에 따라 판단해야 하는바, 「건축법」 제11조제5항제7호에서는 건축허가를 받으면 농지전용허가를 받은 것으로 본다고 규정하고 있을 뿐, 건축허가권자가 의제되는 인ㆍ허가를 사후에 관리ㆍ감독할 수 있도록 하거나 그 밖에 의제되는 인ㆍ허가의 근거 법률의 적용을 배제한다는 규정을 두고 있지 않으므로(각주: 법제처 2021. 5. 4. 회신 21-0002 해석례 참조), 이 사안과 같이 건축허가에 따라 농지전용허가가 의제된 경우 농지전용허가 이후의 법률관계는 의제되는 농지전용허가의 근거 법률인 「농지법」에 따라야 한다고 보는 것이 타당합니다.

  그리고 「건축법」 제11조제3항에서는 건축허가를 받으려는 자는 같은 조 제1항에 따른 건축허가를 신청할 때 의제되는 인ㆍ허가를 받기 위해 관련 법령에서 제출하도록 의무화하고 있는 신청서 및 구비서류를 첨부해야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제6항에서는 허가권자는 인ㆍ허가 의제를 위해서는 해당 행정기관의 장과 미리 협의하도록 하고 있다는 점에 비추어 보더라도, 「농지법」에 따라 농지전용허가를 관리ㆍ감독함에 있어 해당 허가가 의제되는 경우와 같은 법에 따라 개별적으로 농지전용허가를 받은 경우를 달리 볼 이유는 없습니다.

  아울러 2021년 3월 23일 법률 제17979호로 제정ㆍ공포되어 2023년 3월 24일 시행될 예정인 「행정기본법」 제24조에서는 주된 인ㆍ허가 행정청은 관련 인ㆍ허가에 관하여 미리 관련 인ㆍ허가 행정청과 협의해야 하고, 협의를 요청받은 관련 인ㆍ허가 행정청은 해당 법령을 위반하여 협의에 응해서는 안 된다고 규정하고 있으며, 같은 법 제26조에서는 관련 인ㆍ허가 행정청은 관련 인ㆍ허가를 직접 한 것으로 보아 관계 법령에 따른 관리ㆍ감독 등 필요한 조치를 하도록 인ㆍ허가의제의 사후관리에 관하여 규정하고 있어 의제되는 관련 인ㆍ허가도 주된 인ㆍ허가와 별개로 독립된 처분의 성격을 가진 것으로 보고 있다는 점도 이 사안을 해석할 때 고려해야 합니다.

  한편 「농지법」 제39조제2항에서는 농림축산식품부장관은 다른 법률에 따라 농지의 전용이 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하려는 자가 농지보전부담금 부과 후 농지보전부담금을 납부하지 않고 2년 이내에 목적사업에 착수하지 아니하는 경우 관계 기관의 장에게 그 목적사업에 관련된 승인ㆍ허가 등의 취소를 요청할 수 있다고 규정하고 있어 농지전용허가가 다른 법률에 따라 의제된 경우에는 이를 단독으로 취소할 수 없고 주된 인ㆍ허가의 취소를 요청해야 한다는 의견이 있으나, 위 규정은 같은 사유로 농지전용허가를 취소할 수 있는 근거는 마련되어 있으나 목적사업과 관련된 주된 인ㆍ허가를 한 관계 행정기관의 장이 그 주된 인ㆍ허가를 취소하지 않는 경우가 많아 안정적인 농지활용이 저해되는 문제점을 해소하기 위해 신설(각주: 2014. 2. 4. 발의된 농지법 일부개정법률안에 대한 국회 농림축산식품해양수산위원회 검토보고서 참조)된 것으로서 의제된 농지전용허가를 농림축산식품부장관이 단독으로 취소할 수 없음을 전제하는 규정으로 볼 수는 없으므로, 그러한 의견은 타당하지 않습니다.

  따라서 이 사안의 경우 농림축산식품부장관은 「농지법」 제39조제1항에 따라 의제된 농지전용허가를 단독으로 취소할 수 있습니다.
<관계 법령>

「건축법」
제11조(건축허가) ① 건축물을 건축하거나 대수선하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 한다. 다만, 21층 이상의 건축물 등 대통령령으로 정하는 용도 및 규모의 건축물을 특별시나 광역시에 건축하려면 특별시장이나 광역시장의 허가를 받아야 한다. 
  ② (생  략)
  ③ 제1항에 따라 허가를 받으려는 자는 허가신청서에 국토교통부령으로 정하는 설계도서와 제5항 각 호에 따른 허가 등을 받거나 신고를 하기 위하여 관계 법령에서 제출하도록 의무화하고 있는 신청서 및 구비서류를 첨부하여 허가권자에게 제출하여야 한다. 다만, 국토교통부장관이 관계 행정기관의 장과 협의하여 국토교통부령으로 정하는 신청서 및 구비서류는 제21조에 따른 착공신고 전까지 제출할 수 있다. 
  ④ (생  략)
  ⑤ 제1항에 따른 건축허가를 받으면 다음 각 호의 허가 등을 받거나 신고를 한 것으로 보며, 공장건축물의 경우에는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제13조의2와 제14조에 따라 관련 법률의 인ㆍ허가등이나 허가등을 받은 것으로 본다.
  1. 〜 6. (생  략)
  7. 「농지법」 제34조, 제35조 및 제43조에 따른 농지전용허가ㆍ신고 및 협의
  8. 〜 23. (생  략)
  ⑥ 허가권자는 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 다른 행정기관의 권한에 속하면 그 행정기관의 장과 미리 협의하여야 하며, 협의 요청을 받은 관계 행정기관의 장은 요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하여야 한다. 이 경우 관계 행정기관의 장은 제8항에 따른 처리기준이 아닌 사유를 이유로 협의를 거부할 수 없고, 협의 요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하지 아니하면 협의가 이루어진 것으로 본다.
제16조(허가와 신고사항의 변경) ① 건축주가 제11조나 제14조에 따라 허가를 받았거나 신고한 사항을 변경하려면 변경하기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 허가권자의 허가를 받거나 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경은 그러하지 아니하다. 
  ② (생  략)
  ③ 제1항에 따른 허가 사항의 변경허가에 관하여는 제11조제5항 및 제6항을 준용한다. 
  ④ 제1항에 따른 신고 사항의 변경신고에 관하여는 제11조제5항ㆍ제6항 및 제14조제3항ㆍ제4항을 준용한다. 

「건축법 시행령」
제12조(허가·신고사항의 변경 등) ① 법 제16조제1항에 따라 허가를 받았거나 신고한 사항을 변경하려면 다음 각 호의 구분에 따라 허가권자의 허가를 받거나 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 
  1.·2. (생  략)
  3. 건축주ㆍ설계자ㆍ공사시공자 또는 공사감리자(이하 “건축관계자”라 한다)를 변경하는 경우에는 신고할 것
  ②·③ (생  략)
  ④ 제1항에 따른 허가나 신고사항의 변경에 관하여는 제9조를 준용한다. 

「농지법」
제34조(농지의 전용허가ㆍ협의) ①농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 
  1. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우
  2. 〜 5. (생  략)
  ② (생  략)
제38조(농지보전부담금) ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위한 부담금(이하 “농지보전부담금”이라 한다)을 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자에게 내야 한다. <개정 2009. 5. 27.>
  1. 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자
  2.ㆍ3. (생  략)
  4. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자
  5.  (생  략)
  ② 〜 ⑮ (생  략)

「농지법 시행령」
제32조(농지전용허가의 신청) ①법 제34조 제1항에 따라 농지전용의 허가 또는 변경허가를 받으려는 자는 농지전용허가신청서에 농림축산식품부령으로 정하는 서류를 첨부하여 해당 농지의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장에게 제출하여야 한다.  <개정 2008. 2. 29., 2009. 11. 26., 2013. 3. 23.>
  ⑤법 제34조 제1항 후단에서 “대통령령으로 정하는 중요사항”이란 다음 각 호와 같다.
  1. 전용허가를 받은 농지의 면적 또는 경계
  2. 전용허가를 받은 농지의 위치(동일 필지 안에서 위치를 변경하는 경우에 한한다)
  3. 전용허가를 받은 자의 명의
  5. 설치하려는 시설의 용도 또는 전용목적사업(제59조 제3항 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우에 한한다)
제33조(농지전용허가의 심사) ①시장ㆍ군수 또는 자치구구청장은 제32조제1항에 따라 농지전용허가신청서 등을 제출받은 때에는 다음 각 호의 심사기준에 따라 심사한 후 농림축산식품부령으로 정하는 서류를 첨부하여 그 제출받은 날(제3항에 따라 신청서류의 보완 또는 보정을 요구한 경우에는 그 보완 또는 보정이 완료된 날을 말한다)부터 10일 이내에 시ㆍ도지사에게 보내야 하며, 시ㆍ도지사는 10일 이내에 이에 대한 종합적인 심사의견서를 첨부하여 농림축산식품부장관에게 제출하여야 한다.
  1. 법 제32조 (농업진흥지역의 농지인 경우에 한한다) 및 법 제37조에 위배되지 아니할 것
  2. 다음 각 목의 사항 등을 참작할 때 전용하려는 농지가 전용목적사업에 적합하게 이용될 수 있을 것으로 인정될 것
    가. 시설의 규모 및 용도의 적정성
    나. 건축물의 건축에 해당하는 경우에는 도로ㆍ수도 및 하수도의 설치 등 해당 지역의 여건
  3. 다음 각 목의 사항 등을 참작할 때 전용하려는 농지의 면적이 전용목적사업의 실현을 위하여 적정한 면적일 것
    가. 「건축법」의 적용을 받는 건축물의 건축 또는 공작물의 설치에 해당하는 경우에는 건폐율 등 「건축법」의 규정
    나. 건축물 또는 공작물의 기능ㆍ용도 및 배치계획
  4. 다음 각 목의 사항 등을 참작할 때 전용하려는 농지를 계속하여 보전할 필요성이 크지 아니할 것
    가. 경지정리 및 수리시설 등 농업생산기반정비사업 시행 여부
    나. 해당 농지가 포함된 지역농지의 집단화 정도
    다. 해당 농지의 전용으로 인하여 인근 농지의 연쇄적인 전용 등 농지잠식 우려가 있는지의 여부
    라. 해당 농지의 전용으로 인근농지의 농업경영 환경을 저해할 우려가 있는지의 여부
    마. 해당 농지의 전용으로 인하여 농지축(農地築)이 절단되거나 배수가 변경되어 물의 흐름에 지장을 주는지의 여부
  5. 해당 농지의 전용이 인근 농지의 농업경영과 농어촌생활환경의 유지에 피해가 없을 것. 다만, 그 피해가 예상되는 경우에는 다음 각 목의 사항 등을 고려할 때 그 피해방지계획이 타당하게 수립되어 있을 것
    가. 해당 농지의 전용이 농지개량시설 또는 도로의 폐지ㆍ변경을 수반하는 경우 예상되는 피해 및 피해방지계획의 적절성
    나. 해당 농지의 전용이 토사의 유출, 폐수의 배출, 악취ㆍ소음의 발생을 수반하는 경우 예상되는 피해 및 피해방지계획의 적절성
    다. 해당 농지의 전용이 인근 농지의 일조ㆍ통풍ㆍ통작(通作)에 현저한 지장을 초래하는 경우 그 피해방지계획의 적절성
  6. 해당 농지의 전용이 용수의 취수를 수반하는 경우 그 시기ㆍ방법ㆍ수량 등이 농수산업 또는 농어촌생활환경유지에 피해가 없을 것. 다만, 그 피해가 예상되는 경우에는 그 피해방지계획이 타당하게 수립되어 있을 것
  7. 사업계획 및 자금조달계획이 전용목적사업의 실현에 적합하도록 수립되어 있을 것 
  8. 전용목적사업이 농지전용의 허가 또는 변경허가를 받으려는 자에게 관련 법령에서 허용된 사업일 것
  ②농림축산식품부장관은 제1항에 따른 심사기준에 적합하지 아니한 경우에는 농지의 전용허가를 하여서는 아니 된다. 
  ③ㆍ④ (생  략)

「농지법 시행규칙」
제26조(농지전용허가의 신청) ①영 제32조제1항에 따른 농지전용허가신청서는 별지 제14호서식에 의한다.
  ②제1항의 농지전용허가신청서에 첨부하여야 할 서류는 다음 각 호와 같다. 다만, 변경허가를 신청하는 경우에는 변경하려는 사항에 관한 서류만 첨부할 수 있다.
  1. 〜 4. (생  략)
  5. 변경내용을 증명할 수 있는 서류를 포함한 변경사유서(변경허가 신청의 경우에 한정한다)
  6. 농지보전부담금을 납부한 후 농지전용허가를 받은 자의 명의가 변경되는 경우에는 농지보전부담금의 권리 승계를 증명할 수 있는 서류(농지전용허가를 받은 자의 명의가 변경되어 변경허가 신청을 하는 경우에 한정한다)
  7. (생  략)