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1. 질의요지

「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 별표 2 직접비 중 인건비의 계상기준란 제2호 전단의 “정부출연연구기관(각주: 「정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」 및 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 정부출연연구기관을 말하며, 이하 같음.) 및 특정연구기관(각주: 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 국가과학기술연구회와 「특정연구기관 육성법」의 적용을 받는 연구기관을 말하며, 이하 같음.) 등”에 정부가 출연하지 않은 「민법」 또는 다른 법률에 따라 설립된 비영리법인이 포함되는지?

※ 질의배경

  민원인은 위 질의요지에 대해 정부가 출연하지 않은 「민법」 또는 다른 법률에 따라 설립된 비영리법인도 정부출연연구기관 및 특정연구기관 등에 포함된다는 입장으로, 과학기술정보통신부의 회신 내용에 이견이 있어 과학기술정보통신부에 의뢰하여 법제처에 법령해석을 요청함.

2. 회답

  정부가 출연하지 않은 「민법」 또는 다른 법률에 따라 설립된 비영리법인은 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 별표 2 직접비 중 인건비의 계상기준란 제2호 전단의 “정부출연연구기관 및 특정연구기관 등”에 포함되지 않습니다.

3. 이유

  「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 별표 2 직접비 중 인건비의 계상기준란 제1호․제2호 및 비고 제1호에 따르면 소속기관의 급여기준에 따른 연구기간 동안의 급여총액은 해당 과제 참여율에 따라 계상하되, 정부출연연구기관 및 특정연구기관 등 인건비가 100퍼센트 확보되지 않는 기관의 경우 총 소요 인건비의 100퍼센트를 초과하지 않도록 인건비 지급 총액을 관리해야 하나, 해당 기관에 소속된 연구원이 새로운 연구개발과제에 인건비를 계상할 때에는 이미 수행중인 연구개발과제 참여율을 모두 합산한 결과 130퍼센트를 넘지 않는 범위에서 계상하도록 하는 예외가 인정됩니다.

  이와 같은 인건비 계상기준은 정부출연연구기관 및 특정연구기관의 연구효율성을 높이기 위해 정부가 인건비 전체를 예산으로 지급하지 않고 연구수행을 통해 자체적으로 충당하도록 하는 연구과제중심제도(Project Based System)를 전제로 하여, 예외적으로 130퍼센트까지 인건비로 계상할 수 있도록 특례를 인정한 것인 만큼, 해당 기준이 적용되는 “정부출연연구기관 및 특정연구기관 등”의 범위는 연구과제중심제도의 운영 대상으로 한정할 필요가 있습니다.

  그리고 일반적으로 법령에서 하나 또는 수개의 사항을 열거하고 그 뒤에 “등”을 사용한 경우 열거된 사항은 예시사항이라 할 것이고 별도로 해석해야 할 특별한 이유가 없는 한 “등”에는 열거된 예시사항과 규범적 가치가 동일하거나 그에 준하는 성질을 가지는 사항이 포함되는 것으로 해석해야 할 것인바,(각주: 법제처 2019. 12. 2. 회신 19-0569 해석례 참조) “정부출연연구기관 및 특정연구기관 등”은 정부출연연구기관 또는 특정연구기관과 유사한 성질의 기관으로서 정부가 출연하는 기관으로 한정하여 해석하는 것이 타당합니다.

  또한 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 별표 2 비고 제1호에서 정부출연연구기관 및 특정연구기관 등 인건비가 100퍼센트 확보되지 않는 기관은 총 소요 인건비의 100퍼센트를 초과하지 않도록 인건비 지급 총액을 관리해야 하고, 이를 초과하는 금액이 발생한 경우에는 기획재정부장관과 과학기술정보통신부장관 및 소관 중앙행정기관의 장에게 보고하도록 규정한 점에 비추어 보더라도, 정부가 출연하지 않은 「민법」 또는 다른 법률에 따라 설립된 비영리법인까지 “정부출연연구기관 및 특정연구기관 등”에 포함된다고 보아 이와 같은 보고 의무를 부과하는 것은 타당하지 않습니다.

  아울러 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 제12조제2항에서는 대학, 정부출연연구기관 및 특정연구기관 등 비영리법인을 “비영리법인”으로 약칭하고 있음에도, 같은 규정 별표 2에서는 “비영리법인”과 “정부출연연구기관 및 특정연구기관 등”을 구분하여 사용하고 있는바, 이는 「민법」 또는 다른 법률에 따라 설립된 비영리법인을 “정부출연연구기관 및 특정연구기관 등”에서 제외하려는 취지로 보아야 할 것입니다.

  따라서 정부가 출연하지 않은 「민법」 또는 다른 법률에 따라 설립된 비영리법인은 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 별표 2 직접비 중 인건비의 계상기준란 제2호 전단의 “정부출연연구기관 및 특정연구기관 등”에 포함되지 않는다고 보아야 합니다.
<관계 법령>

과학기술기본법
제11조(국가연구개발사업의 추진) ① 중앙행정기관의 장은 기본계획에 따라 맡은 분야의 국가연구개발사업과 그 시책을 세워 추진하여야 한다. 
  ② 〜 ④ (생  략)
  ⑤ 국가연구개발사업의 원활한 추진을 위하여 제3항에 따른 국가연구개발사업의 기획등에 관한 사항과 제4항에 따른 전문기관의 업무에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정
제12조(연구개발비의 지급) ① 중앙행정기관의 장은 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연할 수 있다.
  ② 〜 ④ (생  략)
  ⑤ 연구개발비의 비목은 직접비 및 간접비(연구개발과제 수행기관이 연구개발과제를 수행하는 데에 공통적으로 들지만 개별 연구개발과제에서 직접 산출할 수 없는 비용을 말한다. 이하 같다)로 구성하며, 각 비목별 계상기준은 별표 2와 같다. 다만, 국제공동연구의 경우 중앙행정기관의 장은 협약으로 정하는 바에 따라 해당 연구에 참여하는 외국 정부 또는 기관의 연구개발비 계상기준을 고려하여 별도의 비목별 계상기준을 적용할 수 있다.
  ⑥ 〜 ⑧ (생  략)
[별표 2] 

연구개발비 비목별 계상기준(제12조제5항 관련)
비목
세목
사용 용도
계상기준




직접비
인건비
 1. 참여연구원에게 지급하는 인건비
 2. 비영리법인 연구부서의 연구 지원인력에게 지급하는 인건비

1. 소속기관(재직 중인 기관을 포함한다)의 급여기준에 따른 연구기간 동안의 급여총액(4대 보험과 퇴직급여충당금의 본인 및 기관 부담분 포함)을 해당 과제 참여율에 따라 계상한다. 
 비고: "해당 과제 참여율"이란 정부출연연구기관 및 특정연구기관 등 인건비가 100퍼센트 확보되지 않은 기관의 경우 연구원의 연봉총액을 100으로 할 때 해당 연구개발과제에서 연구원에게 지급될 인건비의 비율을 말하며, 인건비가 이미 확보된 기관의 경우 실제로 해당 연구개발과제에 참여하는 정도를 말한다.
2. 정부출연연구기관 및 특정연구기관 등 인건비가 100퍼센트 확보되지 않는 기관에 소속된 연구원이 새로운 연구개발과제에 인건비를 계상할 때에는 이미 수행중인 연구개발과제 참여율을 모두 합산한 결과 130퍼센트를 넘지 않는 범위에서 계상한다. 이 경우 정부수탁사업과 제3조제1호에도 불구하고 정부출연연구기관 및 특정연구기관 등의 기본사업을 포함하여 산정하며, 연구개발과제 참여율의 최대한도를 이미 확보한 연구원은 연구개발과제 참여율을 계상하여서는 안 된다. 
3. 〜 5. (생  략)
 비고
 1. 정부출연연구기관 및 특정연구기관 등 인건비가 100퍼센트 확보되지 않는 기관은 총 소요 인건비의 100퍼센트를 초과하지 않도록 인건비 지급 총액을 관리하여야 하며, 이를 초과하는 금액이 발생한 경우에는 연구개발 관련 용도로 이사회의 승인을 받아 사용하고, 해당 금액과 사용계획, 사용 후 집행내역을 다음해 4월 30일까지 기획재정부장관과 과학기술정보통신부장관 및 소관 중앙행정기관의 장에게 보고하여야 한다. 
 1의2. 〜 6. (생  략)