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1. 질의요지

교회 대표자 개인명의로 부동산을 취득하여 등기한 후 착오로 교회대표자 개인을 등기명의인으로 하였다는 이유로 당해 부동산의 등기명의인을 교회명의로 경정한 경우 종전의 부동산 등기를 한 개인의 취득세 및 등록세의 납세의무가 소멸되어 개인이 이미 납부한 취득세 및 등록세가 환부대상인지 여부

2. 회답

교회 대표자 개인명의로 부동산을 취득하여 등기한 후 착오로 교회 대표자 개인을 등기명의인으로 하였다는 이유로 당해 부동산의 등기명의인을 교회명의로 경정한 경우 종전의 부동산 등기를 한 개인의 취득세 및 등록세의 납세의무는 확정되어 소멸되지 아니하므로 개인이 이미 납부한 취득세 및 등록세는 환부대상에 해당되지 아니합니다.

3. 이유

○ 「지방세법 제29조제1항제1호 및 제2호」의 규정에 의하면, 취득세는 과세물건을 취득하는 때에, 등록세는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때에 납세의무가 성립하고, 「동법 제30조제1항제1호」의 규정에 의하면, 납세의무자가 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고 납부하는 지방세에 있어서는 이를 신고하는 때 그 세액이 확정되도록 되어 있습니다.
○ 취득세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연 무효로 되지 아니하는 한 취득세의 납세의무는 소멸되지 아니한다 할 것입니다. 또한, 등록세는 재산권 기타의 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서 그 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로, 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리귀속의 주체가 다르더라도 일단 공부에 등재되었던 등기 또는 등록이 사후에 원인무효로 말소된 경우에도 그 등기 또는 등록에 따른 등록세부과처분의 효력은 그것에 의하여 영향을 받지 아니합니다(대법원 1986. 2. 25. 선고 85누858 참조).
○ 따라서, 신고인이 스스로 과세표준과 세액을
 신고하는 행위에 의하여 확정되는 취득세의 경우에는 착오로 인한 등기명의인의 경정이 신고행위의 당연무효사유에 해당하는 중대하고 명백한 하자라고 할 수 없고, 등기라는 사실 그 자체를 과세물건으로 하는 등록세의 경우에는 착오로 인한 등기명의인의 경정이 있었다 하더라도 등기라는 사실이 존재하므로 이에 근거한 등록세의 부과처분은 유효하다고 할 것인바, 
○ 개인이 부동산을 취득하여 자신의 명의로 등기한 후 취득세를 신고하고 등록세를 납부하였다면, 취득세의 과세표준과 세액을 신고한 때 및 등기를 한 때, 취득세 및 등록세가 확정되었다고 할 것이므로, 이미 성립된 취득세 및 등록세의 납세의무가 소멸되는 것이 아니므로 이 사안에서 이미 납부한 취득세 및 등록세는 환부대상이 되지 아니합니다.