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1. 질의요지

농지를 이용하여 종자업을 하려는 자가 농지취득 전에 다른 등록요건을 모두 갖추어 종자업의 등록을 신청한 경우에, 등록관청은 등록 이후에 농지를 취득하여 시설을 갖출 것을 조건으로 등록을 해줄 수 있는지?

※ 질의배경

○ 민원인은 농지를 취득하여 그 농지를 이용해 종자업을 하려고 하는데, 「농지법」에 따르면 “「종자산업법」 제37조제1항에 따라 등록한 종자업자”가 되어야 농지를 취득할 수 있도록 되어 있어서, 농지 취득 후에 종자업의 시설을 갖출 것을 조건으로 하여 종자업 등록을 할 수 있을지에 대해 농림부에 질의하였음.
○ 농림축산식품부에서 종자업의 시설을 반드시 농지에만 갖추어야 하는 것은 아니고, 종자업의 등록은 종자업의 시설을 갖춘 후에만 가능하다고 회신하자, 민원인은 농림축산식품부의 회신에 따르면 처음부터 농지를 이용한 종자업이 불가능하므로 불합리하다는 의견을 제시하며 법제처에 법령해석을 요청함.

2. 회답

  농지를 이용하여 종자업을 하려는 자가 농지취득 전에 다른 등록요건을 모두 갖추어 종자업의 등록을 신청한 경우에, 등록관청은 등록 이후에 농지를 취득하여 시설을 갖출 것을 조건으로 등록을 해줄 수 없습니다.

3. 이유

  「종자산업법」 제37조제1항에서는 종자업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 시설을 갖추어 시장․군수․구청장에게 등록하여야 한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 같은 법 시행령 제13조 및 별표 5에서는 종자업의 시설기준을 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제14조제1항에서는 종자업의 등록을 하려는 자는 종자업의 시설과 인력에 관한 서류를 첨부하여 등록신청서를 제출하도록 규정하고 있는바,
  이 사안은 농지를 이용하여 종자업을 하려는 자가 농지취득 전에 다른 등록요건을 모두 갖추어 종자업의 등록을 신청한 경우에, 등록관청은 등록 이후에 농지를 취득하여 시설을 갖출 것을 조건으로 등록을 해줄 수 있는지에 관한 것이라 하겠습니다.
  먼저, 「종자산업법」에서는 종자업의 등록과 관련하여 “조건부 등록”이나 등록에 조건을 붙일 수 있는지에 대하여 명문의 규정을 두고 있지 않습니다. 또한 같은 법 시행령 제14조제2항에서는 종자업 등록을 신청받은 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 신청된 사항을 확인하고, 등록요건에 적합하다고 인정될 때에는 종자업등록증을 발급하여야 한다고 규정하고 있는바, 종자업의 등록은 시설 및 인력에 대한 객관적인 요건만 충족시키면 등록관청에서 재량의 여지 없이 등록을 해주어야 하는 기속행위라고 보아야 할 것입니다. 즉 종자업의 등록관청은 신청인이 모든 요건을 갖추어 종자업의 등록을 신청하는 경우에는 이를 반드시 등록해주어야 한다는 점에서, 법령에 명시적인 규정이 없음에도 불구하고 “조건부 등록”이나 등록에 조건에 붙이는 것을 허용할 실익도 없다고 할 것입니다.
  또한, 「종자산업법」 제39조제1항제5호에서는 종자업 등록을 한 후 시설기준에 미치지 못하게 된 경우에는 등록을 취소하거나 영업정지를 명할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 별지 제18호 서식에서는 신청서의 처리 절차로서 서류 검토 후에 현지 확인을 거치도록 규정하고 있습니다. 이러한 규정들은 불량 종자의 생산ㆍ유통을 방지하고자 시설이 미비한 종자업자의 활동을 엄격하게 제재하기 위한 취지로 이해되는바, 종자업자로 등록하기 위해서는 사전에 종자업에 필요한 요건을 모두 갖추어야만 할 것입니다.
  이상과 같은 점을 종합해 볼 때, 농지를 이용하여 종자업을 하려는 자가 농지취득 전에 다른 등록요건을 모두 갖추어 종자업의 등록을 신청한 경우에, 등록관청은 등록 이후에 농지를 취득하여 시설을 갖출 것을 조건으로 등록을 해줄 수 없습니다.
 ※ 법령정비 권고사항 
  「종자산업법」 제37조제1항에서는 종자업의 시설을 갖추어 종자업자로 등록하도록 규정하고 있는데 「농지법 시행규칙」 별표 2에서는 농지를 소유할 수 있는 자로 “「종자산업법」 제37조제1항에 따라 등록한 종자업자”를 규정하고 있어서, 현행 법령상 처음부터 농지를 이용해 종자업을 하려는 자는 사전에 농지를 취득할 수 없을 뿐만 아니라 종자업의 등록도 할 수 없는 불합리한 결과가 발생하는바, 「농지법」의 해석을 통하여 종자업의 등록을 하려는 자도 농지를 취득할 수 있도록 “종자업의 등록을 한 자”의 범위를 넓게 인정하거나, 「농지법 시행규칙」의 개정을 통하여 이를 명확하게 하는 등의 입법개선이 필요합니다.