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1. 질의요지

「상속세 및 증여세법」 제48조제1항 본문에서는 “공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제48조제2항제1호에서는 재산을 출연받은 공익법인등이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제38조제2항에서는 “법 제48조제2항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다.”라고 규정하고 있는바,

  「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조제2항 단서에 따라 「의료법」에 따라 설립·운영되는 의료법인이 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 다른 공익법인에게 다시 출연하는 경우에, 그 출연을 허가하는 “주무관청”이 허가 당시에 「의료법」에 따라 의료법인의 설립허가와 그 취소 및 관리·감독 등의 업무를 담당하고 있는 시ㆍ도지사(법률 제4732호 의료법 일부개정법률 부칙 제11조에 따라 국가로부터 공공차관을 지원받은 의
료법인에 대하여는 그 차관자금의 상환이 종료된 경우를 전제함. 이하 같음)인지, 아니면 「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조제15항에 따른 관할 세무서장인지?

2. 회답

  「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조제2항 단서에 따라 「의료법」에 따라 설립·운영되는 의료법인이 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 다른 공익법인에게 다시 출연하는 경우에, 그 출연을 허가하는 “주무관청”은 허가 당시에 「의료법」에 따라 의료법인의 설립허가와 그 취소 및 관리·감독 등의 업무를 담당하고 있는 시ㆍ도지사라고 할 것입니다. 

3. 이유

  「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라고 함) 제48조제1항 본문에서는 “공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항제1호에서는 세무서장등은 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제38조제2항에서는 “법 제48조제2항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제38조제15항에서는 “이 조를 적용함에 있어 주무부장관 또는 주무관청을 알 수 없는 경우에는 관할 세무서장을 주무부장관 또는 주무관청으로 본다.”라고 규정하고 있습니다. 

  한편, 「의료법」 제48조제1항에서는 의료법인을 
설립하려는 자는 정관과 그 밖의 서류를 갖추어 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서는 “의료법인이 재산을 처분하거나 정관을 변경하려면 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 제51조에서는 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사는 의료법인이 정관으로 정하지 아니한 사업을 한 때, 설립된 날부터 2년 안에 의료기관을 개설하지 아니한 때 등에 해당하면 그 설립 허가를 취소할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제59조제1항에서는 “보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사는 보건의료정책을 위하여 필요하거나 국민보건에 중대한 위해(危害)가 발생하거나 발생할 우려가 있으면 의료기관이나 의료인에게 필요한 지도와 명령을 할 수 있다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 제61조제1항에서는 “보건복지부장관 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 의료기관이나 의료인에게 필요한 사항을 보고하도록 명할 수 있고, 관계 공무원을 시켜 그 업무 상황, 시설 또는 진료기록부ㆍ조산기록부ㆍ간호기록부 등 관계 서류를 검사하게 하거나 관계인에게서 진술을 들어 사실을 확인받게 할 수 있다.”라고 규정하고 있는바, 

  이 사안에서는 상증세법 시행령 제38조제2항 단서에 따라 「의료법」에 따라 설립·운영되는 의료법
인이 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 다른 공익법인에게 다시 출연하는 경우에, 그 출연을 허가하는 “주무관청”이 허가 당시에 「의료법」에 따라 의료법인의 설립허가와 그 취소 및 관리·감독 등의 업무를 담당하고 있는 시ㆍ도지사인지, 아니면 상증세법 시행령 제38조제15항에 따른 관할 세무서장인지 여부가 문제될 수 있습니다.

  살피건대, 상증세법 제48조제6항, 제7항 등 상증세법을 비롯한 여러 세법에서 주무관청(主務官廳)과 관할 세무서장은 명확히 구분하여 사용하고 있고, 특히 상증세법 제48조제7항에서는 “공익법인등의 주무관청은 공익법인등에 대하여 설립허가, 설립허가의 취소 또는 시정명령을 하거나 감독을 한 결과 공익법인등이 제1항 단서, 제2항 및 제3항에 해당하는 사실을 발견한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등의 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 통보하여야 한다.”라고 규정하고 있는 점 등을 고려하면, 상증세법 시행령 제38조제2항 단서에 따른 “주무관청” 역시 공익법인등에 대하여 설립허가, 설립허가의 취소 또는 시정명령을 하거나 감독하는 역할을 담당하는 기관을 의미하는 것으로 보아야 할 것입니다.

  나아가, 「의료법」 제48조제1항 및 제51조에 따라 의료법인을 설립하려는 
자는 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 하며, 의료법인이 정관으로 정하지 아니한 사업을 한 때 등 일정한 경우에 시ㆍ도지사가 그 설립 허가를 취소할 수 있는 점, 같은 법 제59조제1항 및 제61조제1항에 따라 시ㆍ도지사는 일정한 경우 의료기관이나 의료인에게 필요한 지도와 명령을 할 수 있고, 필요한 사항을 보고하도록 명할 수 있는 점 등을 고려하면, 의료법인이 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 다른 공익법인에게 다시 출연하는 경우에, 상증세법 시행령 제38조제2항 단서에 따른 “주무관청”은 「의료법」에 따라 의료법인의 설립허가와 그 취소 및 관리·감독 등의 업무를 담당하고 있는 시ㆍ도지사로 보아야 할 것입니다.

  한편, 상증세법 시행령 제38조제15항을 근거로 같은 조 제2항 단서에 따른 “주무관청”이 관할 세무서장이라는 의견이 있을 수 있으나, 상증세법 시행령 제38조제15항에서는 “주무관청을 알 수 없는 경우”에만 관할 세무서장을 주무관청으로 본다고 규정하고 있고, 위와 같이 「의료법」에 따른 의료법인의 주무관청이 시ㆍ도지사임을 알 수 있는 점, 오히려 상증세법 시행령 제38조제15항은 공익법인등 중에서 “법인이 아닌 단체”와 같이 그 설립허가와 그 취소 및 관리·감독 등의 업무를 담당하는 기관을 알 수 없
는 경우에 적용되는 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 위 의견은 타당하지 않은 것으로 보입니다.

  따라서, 상증세법 시행령 제38조제2항 단서에 따라 「의료법」에 따라 설립·운영되는 의료법인이 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 다른 공익법인에게 다시 출연하는 경우에, 그 출연을 허가하는 “주무관청”은 허가 당시에 「의료법」에 따라 의료법인의 설립허가와 그 취소 및 관리·감독 등의 업무를 담당하고 있는 시ㆍ도지사라고 할 것입니다.