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벤처기업법 제16조의3 제9항은 '일정 제약'에도 불구하고, 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 자기 주식 취득이 가능함을 명시하는 조항으로, '일정 제약'이 명시되어 있어야 할 상법 제341조의2제1항에 관련 제약이 나타나있지 않습니다.
조사해보니 2011년에 상법이 개정되면서 '자사주 취득 100분의 10 제약'이 '재무적 조건에 의한 취득 제약'으로 변경되고 조항 번호들이 조정된 것으로 보입니다.
벤처기업법 조항이 2014년 개정되어 반영이 된 것인가 살펴보았지만 아무리 보아도 내용적인 연결이 되지 않아, 상법 개정 사항을 미처 반영하지 못한 것으로 추측됩니다.
확인 후 안내 또는 수정 부탁드립니다.

############[현재 조항]############
# 벤처기업법 제16조의3(벤처기업의 주식매수선택권)
: https://www.law.go.kr/법령/벤처기업육성에관한특별조치법/(20220629,18661,20211228)/제16조의3
⑨ 주식매수선택권을 부여한 벤처기업이 주식매수선택권을 부여받은 자에게 내줄 목적으로 자기주식을 취득하는 경우에는「상법」 제341조의2제1항 본문에도 불구하고 발행주식 총수의 100분의 10을 초과할 수 있다.<개정 2014. 12. 30.>

# 상법 제341조의2(특정목적에 의한 자기주식의 취득)
https://www.law.go.kr/법령/상법/(20201229,17764,20201229)/제341조의2
회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제341조에도 불구하고 자기의 주식을 취득할 수 있다.

1. 회사의 합병 또는 다른 회사의 영업전부의 양수로 인한 경우
2. 회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 경우
3. 단주(端株)의 처리를 위하여 필요한 경우
4. 주주가 주식매수청구권을 행사한 경우
[전문개정 2011. 4. 14.]

# 상법 제341조
https://www.law.go.kr/법령/상법/(20201229,17764,20201229)/제341조
(취득 관련 회사의 재무적 계산에 대한 내용)
[전문개정 2011. 4. 14.]

############[개정 전 조항]############
# 개정 전 상법 제341조의2(특정목적에 의한 자기주식의 취득)
: https://law.go.kr/LSW/lsLinkProc.do?lsNm=%EC%83%81%EB%B2%95&efYd=20110414&lsId=prec20110414&lsClsCd=L&joNo=034102&mode=11
(자기 주식 취득에 대한 100분의 10 제약에 대한 내용)